つまり、その分の撤去費用が必要になります。これって、土地の資産価値が下がる事になりますよね。

４０年後に簡単に安価に杭を撤去出来る建築技術があるのかも知れませんが、それを期待するよりも、土地の資産価値が下がらない工法を選ぶ事や、そもそも、本当に必要な工事なのかを知る事も大切だと思います。
 
木造住宅は、建築物としては軽い建物です。

鉄骨造や鉄筋コンクリート造で住宅を建てないのであれば、杭や柱状改良まで必要になるケースは少ないのです。
 
もし、地盤改良に疑問を感じたら、もう一度地質調査をやってみて下さい。費用は、４～６万円ぐらいです。

その結果を建築士に見てもらってください。セカンドオピニオンです。たぶん、１万円ぐらいで見てくれると思います。私なら無料ですけどね。
 
あなたは知らない事で、色々と損をしています。もっとも損をしている事すら気づかない方が多いですが・・・・。