建築基準法上の二世帯住宅で、それぞれに玄関があり内部で行き来が出来ない場合は、住宅ではなく共同住宅や長屋扱いとなります。

その場合、1棟ではなく住戸ごとで登記をすれば、住宅借入金等特別控除や不動産取得税がそれぞれで控除できるので税制上有利です。固定資産税や都市計画税も安くなる場合があります。
すまい給付金もそれぞれでもらえます。
 
増改築でも、バリアフリー改修や省エネ改修などは、住宅借入金等特別控除なども有り、行政によっては助成金制度も有ります。
二世帯住宅は、税制面で優遇されていますので、とってもお得です。