二世帯住宅の将来を見据えて、とまでは考えられないと思います。
親は、いつかは亡くなり、子世帯が親世帯の時代になった時、空いた部屋には、孫である子世帯が住むようになれば、続いていけます。その頃には建て替えだと思う方が多いかもしれません。

ですが、新築住宅を長期優良住宅で建ててみませんか。
 
木造だから20年しか持たないとか30年で建て替えというのは、融資の都合や減価償却の耐用年数の話です。これからは、資源を大切に使い、ごみを減らすという地球環境に配慮した家創りが必要になります。2世代50年、3世代75年と木造でも可能です。